Сокращение экономического и интеллектуального потенциала, упадок идейного влияния буддизма сказались прежде всего на уменьшении его роли среди верхов китайского общества. На передний план с течением времени все явственнее выходил буддизм народный, буддизм тайных обществ и сект, амидизм, часто переплетавшийся с аналогичными эгалитарными верованиями и традициями религиозного даосизма. В народном буддизме продолжали пользоваться популярностью культы видных божеств, особенно бодисатвы Гуань-инь, а также услуги массы полуграмотных монахов и послушников, читавших сутры над покойниками и тем открывавших перед ними врата буддийского рая. Однако и этот буддизм с начала II тысячелетия практически не имел самостоятельного значения, ибо он без остатка влился в гигантскую систему религиозного синкретизма, которая примерно с этого времени стала уже реальной силой в Китае.

Некоторое время еще продолжалось соперничество между буддистами и даосами. Борьба достигла наивысшего накала во времена Хубилая (XIIIв.), когда ожесточенные дебаты, проходившие при дворе монгольских властителей Китая, показали, что, хотя даосы и пользовались большими симпатиями населения, идейный и интеллектуальный перевес явно оставался на стороне буддизма, что и определило его победу в спорах и даже запрещение, пусть ненадолго, порочащей буддизм сутры Лао-цзы хуа-ху цзин. Успех буддистов при дворе Хубилая несколько поправил их дела. В сочетании с продолжавшимся в этот же период продвижением буддизма в Тибете это сыграло, видимо, определенную роль в том, что буддизм и ламаизм, как его тибетская разновидность, стали со временем главной религией монголов.