Его излюбленным мотивом было требование не вливать молодого вина в мехи ветхие. Это изречение, которое Маркион заимствовал в Евангелии от Луки (5: 37), войдет затем в синоптическую традицию. Иначе говоря, следует отвергнуть все, что связывает нас с библейским богом, с иудаистским законом и с самой человеческой природой Христа, представляющей собой лишь видимость: спаситель сошел на землю с неба уже взрослым, чтобы упразднить законы и пророчества. Суровый моральный ригоризм дополнял эту идею: запрет употреблять в пищу мясо, отказ от бракосочетания, аскетическая жизнь, которая уже контрастировала с включением множества христианских общин в игру экономических и социальных интересов и в соревнование за власть.

Предание гласит, что около 144 г., когда старейшины римской церкви отдали себе отчет в подлинном смысле программы Маркиона, они вернули ему средства, которые он внес, и исключили его из своих рядов. Сторонники Маркиона организовали отдельные общины, положившие начало церкви маркионитов, власть в которой концентрировалась в руках епископов. Однако кое-что из его учения считалось приемлемым. Всего через несколько лет после этого разрыва апологет Юстин воспроизвел один из его центральных мотивов в своем «Диалоге с евреем Трифоном»: христианство отныне есть «единственный и истинный иудаизм», и Моисеев закон не может быть теперь навязан всем верующим.

Создание целой сети общин, преданных Маркиону, которая удерживалась несколько столетий, побуждало руководителей других общин укреплять свою власть и поддерживать идущую от апостолов непрерывную преемственность, на которую указывал Егесипп. Тень, брошенная на часть текстов, происхождение которых возводилось к истокам евангельской проповеди, заставляла острее чувствовать потребность в разработке четкого канона писаний Нового завета. Именно тогда, в ответ на вызов, брошенный маркионитской церковью, число их было определено равным 27, в соответствии с символической цифрой, отвечающей числу писаний Ветхого завета.