Став патриархом, Иов провел епархиальную реформу: в России было создано четыре митрополии (Новгородская, Ростовская, Казанская и Крутицкая) и семь новых епископий. При Иове был канонизирован Василий Блаженный и установлен праздник в честь трех московских святителей, митрополитов Петра, Алексия и Ионы (в 1595 г.), праздники в честь Собора Казанских святых. Иов заботился о распространении христианства в Грузии, Сибири, Казани, Корельской области.

В Смутное время патриарх Иов поддерживал Бориса Годунова. При появлении самозванца Лжедмитрия I, святитель рассылал грамоты, в которых призывал людей сохранять верность царю Борису. После смерти Б.Ф. Годунова, организовал присягу его сыну царю Федору Борисовичу. Но когда Лжедмитрий I в 1605 г. укрепился в Москве, то по распоряжению Лжедмитрия Иова лишили патриаршества. Во время богослужения в Успенский собор ворвалась толпа вооруженных людей, которые схватили патриарха, сорвали с него ризы, одели в черную рясу и отвезли в Старицкий монастырь. Там же он и умер в 1607 г. В 1652 г. царь Алексей Михайлович распорядился перевезти тело Иова в Москву и поставить в Успенском соборе. В 1989 г. Иов был канонизирован. Дни памяти: 5 (18) апреля и 19 июня (2 июля).

О времени и месте рождения будущего Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Гермогена (ок. 1530–1612) сохранились скудные и даже противоречивые сведения. Скорее всего, родился он около 1530 г. При крещении младенца назвали Ермолаем. Местом рождения точно неизвестно — кто-то считал, что святитель родился в Казани, другие говорили, что он родом из донских казаков. Столь же неясным остается его происхождение. Одни возводят его к боярам Шуйским, которые сами происходили из рода Рюриковичей. Другие связывают его с боярами Голицыными, восходящими к литовскому княжескому роду Гедиминовичей. А третьи, наоборот, были убеждены в том, что святитель Гермоген был незнатного происхождения — простым донским казаком.

Первые точные сведения о будущем Патриархе относятся только к 1579 г. В то время Ермолаю было уже 50 лет, он жил в Казани и был приходским священником церкви Святого Николая в Гостином Дворе. В том 1579 г. с именем священника Ермолая оказалось связано одно из выдающихся чудес в русской истории — обретение чудотворной Казанской иконы Божией Матери. Первым из священников, кто принял икону в свои руки, был отец Ермолай. Именно он показал икону собравшемуся народу и торжественно, во главе крестного хода, перенес ее в церковь Святого Николая. И уже в ходе этого шествия свершились первые чудесные исцеления от иконы. После молебна икону перенесли в Казанский Благовещенский собор, а священнику Ермолаю было поручено следить за торжествами в честь обретения чудотворного образа. А вскоре Ермолай составил краткое “Сказание о явлении чудотворной иконы и о чудесах от нее”, которое отослали в Москву к самому царю Ивану IV Васильевичу Грозному.

В 1587 г. в Чудовом монастыре в Москве священник Ермолай принял монашество под именем Гермогена (в церковном написании — Ермоген). Вскоре получил сан игумена, затем был возведен в архимандриты и стал настоятелем Казанского Спасо-Преображенского монастыря. Но прошло менее двух лет, и 13 мая 1589 г. Гермоген был возведен в сан митрополита Казанского и Астраханского.

Семнадцать лет возглавлял митрополит Гермоген доверенную ему епархию. По его указанию возводились новые храмы и монастыри, заново украшались старинные храмы и обители. Многие татары, населявшие казанские земли приняли христианство, и митрополит Гермоген всячески поддерживал их в новой вере, помогал укрепиться в православной жизни. Защищал святитель православных жителей и от угнетения иноверными. Так, по его распоряжению татарам-мусульманам и немцам-лютеранам, которых в то время было много в Казани, было запрещено брать православных в услужение.

Не меньшее внимание уделял митрополит Гермоген прославлению местных казанских святых. Он понимал, что без примеров святости невозможно устроить истинную православную жизнь в своей епархии. Поэтому по его инициативе начинается почитание казанских чудотворцев, святых и мучеников — святителей Германа и Гурия Казанских, Варсонофия Тверского, Иоанна нового, Стефана и Петра. Казанский митрополит обратился к Патриарху Московскому и всея Руси Иову с просьбой об установлении общецерковного поминовения казанских святых и получил согласие. Сам же митрополит Гермоген написал Житие прославленных казанских чудотворцев.