После этого под Смоленск к королю Сигизмунду было направлено большое посольство. При этом в наказе к послам значилось, что Владислав должен креститься в православную веру, а посольство обязано твердо стоять на тех статьях, которые утвердили в Москве. Патриарх Гермоген отправил с посольством польскому королевичу грамоту, в которой просил того срочно принять православное вероисповедание.

Но Сигизмунд отказался исполнить условия договора. Больше того, теперь он потребовал от послов, чтобы они признали русским царем его самого. К тому же, поляки требовали от русской стороны согласия на свободу распространения католического вероисповедания в России. Сторонники Сигизмунда в Москве всячески содействовали соглашению с польским королем на его условиях и написали грамоту посольству под Смоленск, чтобы послы согласились на все условия польского короля. Однако патриарх Гермоген даже под угрозами, эту грамоту не подписал. Больше того, он, будучи в Успенском соборе, обратился к народы с речью, убеждая собравшихся не присягать польскому королю, но встать на защиту веры и Отечества.

Именно позиция патриарха определила и позицию русского посольства — без подписи патриарха посольство отказалось выполнять распоряжения привезенной из Москвы новой грамоты. “Ныне по грехам нашим мы стали без государя, а патриарх у нас человек начальный (т.е. главный), и без патриарха ныне о таком деле советовать непригоже”, — говорили послы полякам.

В этот период, видя беззаконное поведение поляков и стойкую позицию патриарха Гермогена, русские люди стали считать святейшего патриарха примером для подражания и символом народного сопротивления. Ведь в момент полного безвластия в государстве только Церковь сохраняла единство народа. И только имя патриарха Гермогена могло объединить самые различные элементы русского общества. И потому святейший Гермоген стал знаменем народного восстания и духовным лидером народного ополчения.

Святейший патриарх оправдал народные чаяния. С декабря 1610 г. он начал рассылать по всей России грамоты с призывом к народному сопротивлению врагу: “Идти на Москву и страдать до смерти…”. В этих грамотах святитель Гермоген освободил русский народ от присяги польскому королевичу Владиславу. Кроме того, патриарх Гермоген распорядился, чтобы другие церковные архиереи составляли поучительные грамоты в полки и писали во все города от его имени, с призывом встать за веру православную.

И Россия услышала глас своего духовного наставника. Во многих городах начали создавать воинские отряды для борьбы с поляками. Откликаясь на зов святейшего патриарха Гермогена, двинулись на великое земское дело рати из Рязани и Нижнего Новгорода, Ярославля и Костромы, Суздаля и Калуги. Под стенами встало Москвы народное войско — Первое ополчение воеводы Прокопия Ляпунова.

Поляки понимали значение личности патриарха для русского народного движения сопротивления. В начале 1611 г. его посадили под домашний арест на патриаршем подворье. Его смущали всяческими посулами и обещаниями, но святейший Гермоген оставался стоек и не поддавался ни на какие уговоры. Тогда в марте 1611 г. Гермогена свели с патриаршего престола и заточили на Кирилловом подворье в Московском Кремле.

Но во всех русских городах, поднявшихся на борьбу с врагом, Гермогена продолжали считать законным патриархом. А мучения, которые он претерпел от польских рук, только свидетельствовали об истинности его духовного подвига. Более того, в это время только патриарх Гермоген признавался высшей властью в стране восставшими городами. И не случайно, именно к патриарху с весны 1611 г. начинают присылать из разных городов грамоты о сборе средств для ополчения и отсылке ратных людей на освобождение Москвы от поляков.

Примеру Святейшего Патриарха последовала и вся Русская Церковь. Местные церковные иерархи возложили на себя обязанности представителей высшей центральной власти, начали деятельно участвовать в создании ополченских отрядов.

Конечно же, столь активная деятельность патриарха Гермогена вызвала ненависть поляков. Осенью 1611 г. поляки и русские изменники потребовали, чтобы Гермоген послал в Нижний Новгород призыв не организовывать ополчение и не идти на Москву. Но святитель отказался подчиняться этим требованиям и, наоборот, благословил нижегородцев на подвиг спасения России. “Да будут благословенны те, которые идут на очищение Московского государства, а вы, окаянные московские изменники, будьте прокляты”, — сказал он в ответ на очередные угрозы и посулы.