Отец Алексий имел благодатный дар прозорливости, но по своему глубокому смирению старался не показывать полноты этого дара. Указание, как поступить в конкретном случае, батюшка высказывал только раз. Если пришедший возражал – устранялся от последующего разговора, не объясняя, к чему приведет неразумное поведение. Тем же, кто пришел с покаянным чувством и преисполненным доверия, он оказывал молитвенную помощь, предстательствуя за них пред Господом и принося избавление от трудностей и бед. В нижнем жилом этаже храма батюшка открыл церковно-приходскую школу, устроил приют для сирот и неимущих, в течение 13 лет преподавал Закон Божий в женской гимназии Е.В. Винклер; способствовал возрождению древнерусской иконописи, благословив на писание икон свою духовную дочь Марию Николаевну Соколову (впоследствии монахиню Иулианию).

Проповеди батюшки были просты, искренни, трогали сердце глубиной веры, правдивостью, пониманием жизни. Молитва отца Алексия никогда не прекращалась. Она наполняла его храм, создавая атмосферу намоленности, уверенность, что при всей житейской суете можно быть далеким от всего земного, иметь непрестанную молитву, чистое сердце и предстоять Богу еще здесь, на земле. Когда батюшка молился, то, по отзывам очевидцев, "горел на молитве, внимал каждому слову молитвы жадно, словно боясь упустить миг духовного восторга". Старец рекомендовал молитву личную, свою беседу и обращение ко Господу как средство надежное и спасительное для укрепления себя в вере в Промысел Божий.

Отец Алексий очень чтил святыню храма – Феодоровскую икону Божией Матери (она по сей день находится в его храме), служил перед ней молебны. Однажды, в преддверии событий 1917 г., во время молебна он увидел, что из глаз Царицы Небесной покатились слезы. Это видели все присутствующие. После 1917 г., когда отошедшие от Церкви, испытав многочисленные беды, устремились в храмы в надежде на помощь Божию, начали служить на Маросейке ревностные молодые священники, в том числе отец Сергий Мечев, рукоположенный во иерея в 1919 г., ныне также прославленный в лике святых как священномученик, а также отец Сергий Дурылин, оставивший о батюшке свои воспоминания, и другие. Велико было смирение отца Алексия. Он никогда не обижался на грубости, сторонился проявления к себе знаков почтения, уважения, избегал пышных служб. Истинными духовными друзьями отца Алексия были оптинские старцы, иеросхимонах Анатолий (Потапов – также канонизированный ныне как преподобный), игумен Феодосий. Они изумлялись подвигу московского старца "во граде яко в пустыни". Единомышленником отца Алексия был архимандрит Арсений (Жадановский), будущий епископ.

Дважды батюшку вызывали на собеседование в ОГПУ (в конце 1922 г. и 17/30 марта 1923 г.). Запрещали принимать народ. Во второй раз его отпустили сразу, так как видели, что он тяжело болен. В последних числах мая отец Алексий отслужил в своем храме последнюю литургию, попрощался с духовными детьми, простился с храмом. Много плакал.

Скончался отец Алексий в пятницу 9/22 июня 1923 г. Гроб с телом отца Алексия был доставлен в храм Святителя Николая в Кленниках 14/27 июня. До самого утра следующего дня церковные общины Москвы прощались с почившим и пели панихиды. Литургию отпевания совершал архиепископ Федор (Поздеевский), настоятель Данилова монастыря (об этом просил батюшка, а владыка Федор 7/20 июня был освобожден из тюрьмы и смог исполнить его желание). Проводить отца Алексия в последний путь прибыл на Лазаревское кладбище патриарх Тихон, освобожденный в этот день из заключения. Святейший отслужил по усопшему литию, опустил гроб в могилу и первый бросил в нее горсть земли.

В любви назидающей и согревающей прошел батюшка отец Алексий свой жизненный путь от детской колыбели до скромной могилки на Лазаревском кладбище. Жизнь батюшки – сплошной подвиг любви.

Через 10 лет, в связи с закрытием Лазаревского кладбища, останки святого праведного Алексия и его жены были перенесены 15/28 сентября 1933 г. на кладбище "Введенские горы". Тело отца Алексия было в ту пору нетленным.