Значительно более высокий уровень нетерпимости в военной среде, относительно общероссийского показателя объясняется тем, что военнослужащие в большей степени, чем гражданское население, вовлечены в военно-политические конфликты, которые стали носить ярко выраженную религиозную окраску. Религия используется различными политическими силами как знамя для легитимизации тех или иных политических (экономических, территориальных) притязаний, а также для оправдания террористической деятельности.

В основном отмечается неприязненное отношение к мусульманам (3,2%) и новым религиозным движениям (так называемым, «сектантам») (3,2%). Однако в большей степени нетерпимость проявляется по национальному признаку. Так, наибольшая неприязнь высказана в адрес чеченцев (34,3%), дагестанцев (около 30%), азербайджанцев (21,3%), «кавказцам» в целом (24,3%). Несколько меньшая антипатия существует в отношении американцев и грузин (17,5%); евреев, турок и арабов (11%); татар (7,2%); японцев (6,1%); немцев (5,5%).

Таким образом, отношение к военнослужащим - представителям других национальностей - резко контрастирует с отношением к военнослужащим иного вероисповедания. Учитывая историческую взаимообусловленность национальной и религиозной принадлежности, уместно говорить о влиянии, которое оказывает этноконфессиональный фактор в целом на боевую и повседневную деятельность военнослужащих. Так, половина всех опрошенных из числа верующих ответили, что при знакомстве, выборе друзей, места в казарме (кубрике), при обслуживании техники, выполнении боевой задачи национальная и религиозная принадлежность другого военнослужащего оказывает влияние на отношение к нему, в то время как число неверующих, обращающих на это внимание, составляет не более 7-9%.

Исследования показали, что подавляющее большинство военнослужащих признаёт наличие конфликтов в своём подразделении. Однако конфликтов на религиозной почве значительно меньше, чем на основе национальной принадлежности и между военнослужащими разных сроков службы. К примеру, на наличие конфликтов между военнослужащими различного вероисповедания указали 21,6% опрошенных, в то время как конфликты на национальной почве отметили 35,8%, а между военнослужащими разных периодов службы - 48,6%.

Примечательно, что конфликты между военнослужащими, принимавшими участие в боевых действиях, и теми, кто не имеет такого опыта, случаются значительно реже – только 17% опрошенных отметили их существование.

Однако ущемление прав военнослужащих на свободу совести и свободу вероисповедания проявляется не только в неуставных взаимоотношениях между военнослужащими. Так, 1,6% опрошенных отметили, что им запрещалось молиться; 2,4% считают, что их право на свободу совести ущемляется навязыванием им другой веры или обязательным участием в исполнении чуждого им религиозного ритуала (обряда); 2,5% участников опроса лично испытали на себе ущемление права на свободу совести; 3,6% были свидетелями, когда срывались нательные крестики; 6,8% испытывали словесные оскорбления; у 7% военнослужащих религиозное чувство оскорблялось проведением ритуала другого вероисповедания. Свидетелями таких нарушений были 8,3% военнослужащих. Причём, 5% респондентов вину за посягательство на свободу совести возлагают на командный состав; 3,3% - на старшинский состав и командиров отделений и 3% - на военнослужащих старших сроков призыва.